OAPI组织商标注册采用国际分类，每份申请可以为一标三类。提交申请的同时即核发官方受理通知书。申请受理后，官方审查期大约为两到三个月，官方审查通过后，核发注册证书。如果官方审查没有通过，审查官员会在驳回前给予通知，并须在听取申请人答辩之后才能作出最后决定。
注册后的商标在官方公报上进行公告，公告期六个月。如果无人异议，商标注册将从注册证书指定的有效期开始生效。如果有人提出异议，则OAPI组织将在听取双方答辩之后作出决定。
注册商标的有效期为10年，从注册申请日开始计算。虽然OAPI组织实行先申请原则，但通常申请人需要在任何一个成员国使用该商标后才能够得到有效保护。商标如果要提出续展，则必须提交在任何一个成员国使用的证明文件。
