商标局收到符合条件的申请后，将以当月第一天的银行外汇汇率折算核定费用，并向申请人或其代理人寄送《收费通知单》。申请人按照该通知单的要求，可以用人民币通过商标局向国际局转交费用，或者由申请人直接用瑞士法郎向国际局交费，但必须同时向商标局交纳手续费。
申请马德里国际商标注册，国际知识产权中心局收取基础注册费653瑞士法郎，彩色图样时为903瑞士法郎。超过三类以上每类商品和服务的附加注册费为73瑞士法郎。
如果被指定国是马德里协定成员国，每指定一个国家加收指定注册费73瑞士法郎；如果被指定国是纯议定书成员国，各国加收的指定注册费不同(单位：瑞士法郎)：英国(454)、挪威(300)、爱沙尼亚(364)、土库曼斯坦(320)、希腊(94)、赞比亚(73)、爱尔兰(372)、丹麦(487)、瑞典(198)、格鲁吉亚(324)、土耳其(73)、新加坡(260)、塞拉里昂(73)、芬兰(340)、冰岛(364)、立陶宛(73)、日本(1339)、澳大利亚(397)、安提瓜和巴布达(73)。由于各国规费常有变动，在此体提供的为大约数字，仅供参考。
