2001年4月，国务院在北京召开全国整顿和规范市场经济秩序工作会议，打击侵犯商标专用权和假冒注册商标行为被列为整顿和规范市场经济秩序的重要内容之一。
2001年4月，国务院决定将国家工商局升格为国家工商行政管理总局，升格为正部级，为国务院直属机构。
2001年10月，第九届全国人民代表大会常务委员会第24次会议通过《关于修改〈中华人民共和国商标法〉的决定》，对《商标法》进行了修改，并自12月1日开始实施。
2001年12月，国家工商行政管理局于1993年开始着手建立的商标注册与管理自动化系统工程进入试运行阶段，初步实现商标注册流程的无纸化办公。
2002年2月，国务院颁布《奥林匹克标志保护条例》，并自4月1日起开始实施。
2002年8月，我国对《中华人民共和国商标法实施细则》进行了修改，并将其更名为《中华人民共和国商标法实施条例》，并自9月15日开始施行。
2002年9月，国家工商行政管理总局局务会审议通过修改后的《商标评审规则》，并自10月17日起施行。
2003年，中国与欧盟知识产权垂直合作项目全面开展。到年底已完成或部分完成商标管理自动化、人力资源管理、商标档案管理、地理标志保护等交流项目。
2003年2月，国务院决定取消商标代理机构和商标代理人资格、商标印制业务管理人员和印制商标单位资格的行政审批。
2003年4月，国家工商行政管理总局发布了《驰名商标认定和保护规定》、《集体商标、证明商标注册和管理办法》、《马德里商标国际注册实施办法》等三个行政规章，并自6月1日起实施。
2003年8月，北京2008年奥运会的会徽正式揭晓。同时，依照《奥林匹克标志保护条例》的规定，该徽记在商标局备案，受到法律保护，揭开我国保护奥林匹克标志历史的新一页。
2003年11月，国家工商总局商标局官方网站中国商标网（http://www.ctmo.gov.cn或http://sbj.saic.gov.cn）正式开通。
2003年12月，在继续出版纸质《商标公告》的基础上，《商标公告》实现网上发布，开始在“中国商标网”上滚动发布三个月异议期内的12期《商标公告》。
2004年6月，国家工商行政管理总局制定了《开展保护注册商标专用权行动方案》，并于随后深入开展了3次保护注册商标专用权集中整治行动。
2004年7月，国家工商行政管理总局商标局开始向社会公布《商标异议裁定书》。
2004年10月，国家工商行政管理总局商标局起草了《商标代理管理条例》征求意见稿，在“中国商标网”上公开征求社会的意见。
2004年10月，内地与香港、澳门签署了《〈内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排〉补充协议》和《〈内地与澳门关于建立更紧密经贸关系的安排〉补充协议》。根据该两个补充协议的规定，自2005年1月1日起，内地在商标代理领域对香港和澳门服务及服务提供者开放和放宽市场准入的条件。
2004年11月，公安部在全国范围内部署开展为期一年的打击侵犯商标专用权犯罪“山鹰”行动。
2004年12月，国家工商行政管理总局和农业部联合发出《关于加强农产品地理标志保护与商标注册工作的通知》，要求“各级工商行政管理机关和农业主管部门要从服务‘三农’的高度，把农产品地理标志保护与商标注册工作推向深入”。
2004年12月，最高人民法院和最高人民检察院联合出台《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，调整了侵犯商标专用权行为罪与非罪的界限，调整了商标专用权刑事保护与行政保护的范围，调整了行政执法机关和司法机关在保护商标专用权方面的职权。
2005年1月，国务院成立了由吴仪副总理为组长、28个部门组成的国家知识产权战略制定工作领导小组。6月30日，吴仪副总理主持召开国家知识产权战略制定工作领导小组第一次全体会议，审议并原则通过了《制定国家知识产权战略工作方案》等5个文件。国家知识产权战略研究由纲要（国家知识产权战略纲要研究）和20个研究专题组成。
2005年9月，商标局与公安部经济犯罪侦察局共同研究起草了《关于在打击侵犯商标专用权违法犯罪工作中加强衔接配合的暂行规定》。此暂行规定已于2006年1月13日由公安部和国家工商行政管理总局共同发布。
2005年9月，国家工商行政管理总局局务会审议通过第二次修改后的《商标评审规则》，并自10月26日起施行。
2005年9月，国家工商行政管理总局将《商标代理管理条例》草案审议通过后报国务院。11月，国务院法制办开始就国家工商行政管理总局所报的《商标代理管理条例（草案）》向国务院有关部门、各省级人民政府、部分商标代理机构及专家学者征求意见。
2005年11月，国家工商行政管理总局与世界知识产权组织（WIPO）在北京举办“战略性利用商标促进经济暨农村发展国际研讨会”，来自世界知识产权组织、29个国家或地区、我国有关部门以及全国副省级以上地方工商行政管理局、部分企业的代表和专家共180多人参加了会议。
2005年12月9日，首届中国商标节在深圳开幕。
2005年12月，商标局和商标评审委员会联合发布了《商标审查及审理标准》，并在“中国商标网”上予以公布。
2005年12月，商标注册信息网上查询系统向社会开通，自此，任何人均可登录“中国商标网”在线免费查询商标注册信息。
