如何确定合适的加盟费用，对总部来说是一个非常关键的问题，它直接影响到特许事业的顺利发展。因为投资者在费用方面通常相当敏感，费用定得太高，投资者不能获得预计的利润，自然不会对该项业务感兴趣，即使加盟进去，不久也会退出；若费用定得太低，总部收益受损，甚至无法弥补所提供服务的费用开支，将会得不偿失。无论如何，总部都应该尽早拿出一套合理的收费方案，确定加盟费用水平及收费方式，以便制定出合理的预算，弥补其管理费用，并取得足够的盈利。
加盟者向总部交纳的加盟费用一般包括以下几类：
1．加盟金。
也称为首期特许费，是加盟者在加盟时向总部一次性交纳的费用，它包括加盟者有权使用总部开发出来的商标、特殊技术等费用，体现了加盟者加人特许系统所得到的各种好处的价值。这笔费用各个总部都不相同，如日本“7—11”公司加盟金为300万日元，“Seicomart”公司250万日元；“吉野家”公司150万日元；“家庭市场”公司只有50万日元。
2．保证金。
作为今后交纳各项费用及债务的担保，同时也带有总部向加盟店所提供商品的预付金性质，数量各公司不等，如“Seicomart”公司、“家庭市场”公司为250万日元；“吉野家”公司75万日元。合同中止时是否退还，情况也各不相同，依据双方的合约而定。
3．权利金。
是总部对加盟店进行经营指导而收取的费用，由加盟店按期交纳。权利金的计算方法依行业不同而不同，如便利店一般为毛利的30％—50％，快餐店一般为销售额的5％—10％，出租业按租金收入的6％—8％；小酒馆按店铺面积收取，还有定额包费等。
4．违约金。
如违背合同中规定的义务及禁止事项，按合同规定向受损害的一方交纳违约金作为赔偿。
5．其他费用。
如店铺设计及施工费、培训费、广告宣传费、设备租赁费、财务业务费、意外保险费等。
上述费用可以分为加盟店开业前交纳的前期加盟费用及开业后运作时交纳的后续加盟费用两大类。前期加盟费用包括了总部招募、评估、培训、寻找地址等全部费用，在有些情况下，它还包括了特许体系不断成熟和商誉提高而增加的特许权费用。如何确定前期加盟费用水平，有人认为应尽可能降低前期费用以便加盟者的开办费用能降至最低；另一些人认为应定得高些，因为前期费用是总部获得收益的重要来源，这样总部可以立即获得大量现金收入和利润，并解决了业务经营所面临的问题。其实，特许经营与其他业务一样，都需要经过一定时期发展才能开始盈利，这一时期大约为3－5年，总部必须筹备足够的资金以维持盈利前的经营，所以，想在短期内通过加盟金解决总部资金上的困难是不现实的。一般情况下，前期加盟费用占加盟者全部投资的5％—10％，例如，如果开办一家特许加盟店的投资是50万－60万元，则前期的特许加盟费在2．5万—6万元之间，当然，对于那些声望较高利润也较高的特许总部来说，这笔费用可能高于5％—10％。
后续加盟费用是加盟者开业后每隔一定时期都必须支付的，有的按月支付，有的按年支付，它包括总部对加盟店的管理服务费用和广告费用等，一般按收人的百分比提成，也有的确定一个固定费用。确定固定费用尽管能保持总部的收入水平不致下降，但若考虑到通货膨胀因素和将来的发展，这种方式还是有很大弊端，且加盟者都不愿接受，因为他们对将来的经营业绩没有把握，担心所获利润会小于加盟费用。而采用按收入的百分比提成，双方都更容易接受，加盟者很精确地知道他该付多少钱，如何去计算这个数额，且是在有收益的基础上支付，没有后顾之忧，另外总部的收益直接与加盟店的业绩挂钩，因而会不遗余力地给予全力支援；而总部也可以从加盟者的业务发展中获利，并避免了通货膨胀因素的影响。
