廖俊铭认为，在实行法院认定与行政认定的双轨认定机制的同时，就不得不面对两者之间可能发生的认定冲突。事实上，由于1996年颁布的《驰名商标(商标异议 驰名商标认定 中国商标网 )认定和管 理暂行规定》中排他性的表达方式，以及我国行政机构一贯比较强势，法院对驰名商标的认定权显得很不清晰，之前在实践中更未实施过。而世界知识产权(商标异议 驰名商标 中国商标网 )组织中的 “保护驰名商标问题专家委员会”的倾向性结论却认为，鉴于相当多的商标注册机构不具备评价一商标是否驰名或者收集结论性证据的充分能力，不应将认定驰名商 标的职权赋予商标注册机构。法院在审理案件时不仅要考虑有利于认定驰名商标的证据，而且要考虑相反的证据，比行政机构仅依据一方的证据作出决定更为客观。 但法院认定驰名商标与行政认定之间，并不存在着必然的冲突，更没必要去完全取代行政认定。

专家认为，在新建立的认定双轨制模式下，行政认定可以继续存在并加强，但只在行政系统内有拘束力。在审判过程中，行政认定的结果可以作为权威机构出具的鉴定结论，即证据的一种来使用。法庭应有权根据双方当庭提交的证据，决定是否采纳行政认定的结果，是否进行司法复核，而没有义务接受行政认定的结果。对未经行政认定的驰名商标，法院应当有权直接作出认定裁决。也就是说，鉴于驰名商标认定的复审和司法审查制度，商标局和法院对驰名商标认定权的效力是不相同的。商标局的认定权不应具有终局性，而应接受商标评审委员会的复审及人民法院的司法审查。相反，中级、高级这二级法院对驰名商标的确定权经过一审、二审判决认定生效后应具有终局效力，确定驰名商标的最终归属。这才能够充分体现出现代法治文明发展的一般规律。

“我国对驰名商标的认定起步较晚，直至1985年我国加入《巴黎公约》以后，商标局才开始应企业的要求，对一些驰名商标进行认定工作。在法律规定上，我国也是滞后的，只在1996年8月14日由国家工商行政管理局颁布了一个《驰名商标认定和管理暂行规定》。从我国的历史与现状而言，采用行政认定与司法审查相结合可说是个最佳选择方案。驰名商标的认定是保护驰名商标的前提，但是如何判定一件商标是否驰名却是个颇有争议的问题。因此，就我国目前的认定标准与认定机构及认定方式而言，亟待建立一套完整、可操作性强的驰名商标认定制度。”