1、国家基础注册不同
一个商标申请国际注册，指定保护的国家是“协定”成员国的，该商标必须是已经注册或经初步审定后的商标，方可提出国际注册申请，当指定保护的国家是纯“议定书”成员国时，该商标或是已被商标局受理的注册申请或是已经注册的商标。
2、工作语言不同
“协定”所指使用的工作语言仅为“法语”；“议定书”所使用的工作语言可选择“法语”或“英语”。
3、缴费不同
如果申请国际注册的商标所指定保护的国家是“协定”成员国，该申请只要按照马德里办定所规定的统一规费交费即可；如果该商标所指定保护的国家是纯"议定书"成员国，该申请除要缴纳马德里协定规定的统一规费外，还需依照各国规定缴纳单独规费。
4、驳回期限不同
“协定”成员国的审查期限为十二个月，也就是说一个国际注册商标自国际局登记此项国际注册之日起，十二个月左右申请人没有收到驳回通知，该商标一般已在被指定的国家给予保护，而“议定书”成员国的审查期限可以是十二个月，也可以是十八个月。
5、国家基础注册与商标国际注册的关系不同
一个在“协定”成员国指定保护的国际注册商标，自国际注册之日起五年内，如果该商标在国内注册已全部或部分被撤销，注销，那么，无论国际注册是否已经转让，这一国际注册商标在所指定国家都不予以保护，也就是说，该国际注册同时被撤销；在纯“议定书”成员国指定保护的国际注册商标，自国际注册之日起五年内，如果该商标在国内的注册已全部或部分被撤销、注销，商标所有人可在该商标被撤销之日起三个月内，向所指定的“议定书”成员国商标主管机关提交一份申请，并按照各成员国的规定缴纳一定的费用，即可将商标国际注册转换为国家注册。
